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转录组测序的分析方法可以分为以下几个步骤:
质量控制:对原始测序数据进行质量控制,包括去除低质量序列、去除接头序列、去除污染序列等。
序列比对:将质控后的短读序列比对到参考基因组或转录组上,得到每个基因的表达量以及可变剪接事件等信息。
差异分析:比较不同样本之间的基因表达量、可变剪接事件等差异,找出显著差异的基因和事件。
功能注释:对差异表达的基因进行功能注释,包括KEGG、GO等通路和功能注释。
数据可视化:将分析结果进行可视化,包括基因表达热图、可变剪接事件可视化等。
生物学解释:根据分析结果进行生物学解释,如分析差异表达基因的生物学功能、通路富集等。 以上是转录组测序分析的一般步骤,具体分析方法会因实验设计、样本类型和研究目的等不同而有所差异。
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